Хулиано Брейс, генеральный директор и соучредитель команды Rhizome Research. (Фото корневища)
Хулиано Брейс быстро понял, что венчурные капиталисты не собираются выписывать большие чеки двум основателям компании моложе 30 лет, которые следовали, по его словам, «противоположному» подходу к использованию ИИ для разработки новых лекарств.
Так что он сам делает ставку.
После четырех лет работы над проектами искусственного интеллекта в Amazon Брейс покинул технологического гиганта, чтобы самостоятельно финансировать свою концепцию. Используя личные сбережения и прибыль от онлайн-торговли, он вложил шестизначную сумму в Rizome Research, стартап из Сиэтла, который разрабатывает на заказ небольшие молекулы, подобные лекарствам.
После запуска в прошлом году стартап с пятью сотрудниками недавно вышел из тени. Помимо генерального директора Брейса, имеющего степени по математике, информатике и экономике Университета Олбани, в руководство Rhizome входят:
Ивэнь Ван, соучредитель и главный научный сотрудник, имеет докторскую степень по химии Университета Карнеги-Меллон. Григорий Синенка, главный технолог, доктор физических наук, работавший в европейском исследовательском центре и в компании Johnson & Johnson. Джон Праудфут, бывший руководитель американского отдела медицинской химии компании Boehringer Ingelheim, выступает в качестве научного консультанта. Другой подход к открытию лекарств
Ивэнь Ван, соучредитель и главный научный сотрудник компании Rhizome Research (слева), и Грегори Синенка, главный технолог. (Фото корневища)
Вместо того, чтобы использовать существующие инструменты для построения молекул, Rhizome создал свою собственную усовершенствованную фундаментальную модель под названием r1. Технология представляет собой «графовую нейронную сеть» и была обучена на более чем 800 миллионах небольших молекул, подобных лекарствам.
Этот подход отличается от популярной модели RoseTTAFold, созданной Институтом дизайна белков Вашингтонского университета, которая по существу основана на аминокислотах, из которых строятся белки.
Модель r1 фокусируется на атомах и связях, составляющих молекулу, и ее топографии. Вот тут-то и вступает в игру идея графа: атомы аналогичны точкам на графике, а связи — соединяющим их линиям.
Команда стремится обеспечить открытие лекарств на основе фрагментов, создавая небольшие молекулы, оптимизированные для связывания с целями, указанными заказчиком. Они будут гарантировать, что каждый кандидат на лекарство может быть эффективно синтезирован в лаборатории и пригоден для патентной защиты.
На прошлой неделе компания Rhizome запустила ADAMS, автоматизированный инструмент искусственного интеллекта с открытым исходным кодом, который использует инструкции на естественном языке для моделирования связывания между биологическими молекулами. Он также планирует поделиться MolSim, основанным на физике моделированием, в котором используются передовые вычисления свободной энергии, которые предсказывают, насколько крепко небольшая молекула будет связываться со своей целью. MolSim не будет иметь открытый исходный код.
Видение центра в Сиэтле
Недавно компания Rhizome установила партнерские отношения с «мокрыми» лабораториями, которые могут подтвердить эффективность потенциальных лекарств, которые она разрабатывает, в реальных условиях, и изучает взаимоотношения с клиентами.
Брейс работает на базе Foundations, стартап-сообщества в Сиэтле, основанного предпринимателем и инвестором Авиэлем Гинзбургом. Остальные сотрудники Rhizome работают удаленно, но планируется привезти людей в Вашингтон.
«Я действительно хочу сделать Сиэтл своего рода центром открытия низкомолекулярных лекарств», — сказал Брейс.
Он указал на Институт Аллена, Институт дизайна белков и другие организации в Сиэтле как на ключевых игроков. В регионе также находится ряд связанных стартапов по разработке лекарств, в том числе Pauling.AI, Synthesize Bio и Xaira Therapeutics, штаб-квартира которой находится в Сан-Франциско, а лаборатории — в Сиэтле.
Брейс сказал, что он воодушевлен возможностью работать над проектом, который может оказать существенное влияние на человечество, и не сожалеет о том, что вложил в эти усилия свои собственные деньги. В целом он с оптимизмом смотрит на использование ИИ для разработки молекул, будь то в здравоохранении или в таких областях, как материаловедение и передовое производство.
«Это самое интересное проблемное пространство», — сказал Брейс.
